In 1894 werd Achilles opgericht, door H.W. Sanders, directeur van de RHBS, op initiatief van één van zijn leerlingen, H.L. Koningh, die de voetbalsport al elders had leren kennen. Op 24 december 1894 deelden zij mee dat de "AV en AC Achilles" was ontstaan, en begon met tien leden en zeven bestuursleden. Achilles begon als de Asser Football and Cricketclub, maar de cricket-afdeling werd al snel afgeschaft. De eerste 'officiële' voetbalwedstrijd in Drenthe werd op 3 november 1896 in Assen gespeeld tussen Achilles uit Assen en Go-On dat bestond uit leerlingen van de Tuinbouwschool uit Frederiksoord. De Assenaren wonnen met 7-0.

Voor het begin van het seizoen 1895-96 traden de Assenaren met het Groninger Be Quick tot de Nederlandse Voetbal Bond toe. Vanaf 1898 behaalden zij op rij zes titels. In maart 1913 debuteerde speler Willy Westra van Holthe in het nationale team. Achilles speelde vanaf 1915 in de eerste klasse van de afdeling Noord-Nederland, die dat jaar werd ingesteld. In 1936 werd er een fanclub opgericht die in 1939 uit 500 leden bestond. De vereniging zelf telde op dat moment 200 leden.

In 1916 kreeg het Noorden voor het eerst een eerste klasse. Aan het einde van het seizoen 1935/1936 eindigde Achilles op de laatste plaats en moest promotie-/degradatiewedstrijden spelen tegen de kampioenen van de beide tweede klassen, Heerenveen en BRC. Eerst werd BRC geklopt met 0-3; van Heerenveen werd verloren met 0-4. Het duel tussen Achilles en BRC eindigde vervolgens in 2-2. Op zondag 16 mei 1936 viel de beslissing in Heerenveen. Met 33 bussen werden de Asser supporters vervoerd. De Friezen namen een 1-0 voorsprong, maar goals van Lou Delebarre en Cees van Staveren zetten Achilles op winst. Het werd uiteindelijk 1-6. In triomftocht werden de spelers in Assen ontvangen na het 'Wonder van Heerenveen'.

Op 26 maart 1939 werd gelijk gespeeld tegen Sneek. Het was voldoende voor de eerste noordelijke titel in de hoogste afdeling. De beslissing om toe te treden tot het betaalde voetbal ging aan Achilles voorbij. In 1964 werd de promotie naar de eerste klasse een feit. Op 65-jarige leeftijd werd het eerste team terugverwezen naar de tweede klasse. Het eersteklasserschap werd in 1981 heroverd.

De club speelt momenteel in de Eerste Klasse F.